正四面体の面の1つがxy平面にあるとすると、その面の各頂点の座標を成分とする$\vec{A},\vec{B},\vec{C}$は
\begin{align*}\vec{A}&=(a_1,a_2,0)\\ \vec{B}&=(b_1,b_2,0)\\ \vec{C}&=(c_1,c_2,0)\end{align*}
となり、面ABCは正三角形なので
\[|\vec{AB}|=|\vec{BC}|=|\vec{CA}|\]
が成り立ちます。
なお
\begin{align*}\vec{AB}&=(b_1-a_1,b_2-a_2,0)\\ \vec{BC}&=(c_1-b_1,c_2-b_2,0)\\ \vec{CA}&=(a_1-c_1,a_2-c_2,0)\end{align*}
です。
この3組の内積をそれぞれ求めてみると
\begin{align*}&\vec{AB}\cdot\vec{CD}\\ &=\frac{1}{3}\{(b_1-a_1)(a_1+b_1-2c_1)\\ &\qquad+(b_2-a_2)(a_2+b_2-2c_2)+0\cdot\sqrt{6}|\vec{AB}|\}\\ \\ &=\frac{1}{3}\left[(b_1-a_1)\{(a_1-c_1)+(b_1-c_1)\}\right.\\ &\qquad\left.+(b_2-a_2)\{(a_2-c_2)+(b_2-c_2)\}\right]\\ \\ &=\frac{1}{3}\left[\{(b_1-a_1)(a_1-c_1)+(b_2-a_2)(a_2-c_2)\}\right.\\ &\qquad+\left.\{(b_1-a_1)(b_1-c_1)+(b_2-a_2)(b_2-c_2)\}\right]\\ \\ &=\frac{1}{3}\left(\vec{AB}\cdot\vec{CA}+\vec{AB}\cdot\vec{CB}\right)\end{align*}
$\vec{AC}\cdot\vec{BD},\vec{AD}\cdot\vec{BC}$についても同様に
\begin{align*}\vec{AC}\cdot\vec{BD}&=\frac{1}{3}\{(c_1-a_1)(a_1-2b_1+c_1)\\ &\qquad+(c_2-a_2)(a_2-2b_2+c_2)+0\cdot\sqrt{6}|\vec{AB}|\}\\ \\ &=\frac{1}{3}\left[\{(c_1-a_1)(a_1-b_1)+(c_2-a_2)(a_2-b_2)\}\right.\\ &\qquad+\left.\{(c_1-a_1)(c_1-b_1)+(c_2-a_2)(c_2-b_2)\}\right]\\ \\ &=\frac{1}{3}\left(\vec{AC}\cdot\vec{BA}+\vec{AC}\cdot\vec{BC}\right)\end{align*}
\begin{align*}\vec{AD}\cdot\vec{BC}&=\frac{1}{3}\{(-2a_1+b_1+c_1)(c_1-b_1)\\ &\qquad+(-2a_2+b_2+c_2)(c_2-b_2)+0\cdot\sqrt{6}|\vec{AB}|\}\\ \\ &=\frac{1}{3}\left[\{(b_1-a_1)(c_1-b_1)+(b_2-a_2)(c_2-b_2)\}\right.\\ &\qquad+\left.\{(c_1-a_1)(c_1-b_1)+(c_2-a_2)(c_2-b_2)\}\right]\\ \\ &=\frac{1}{3}\left(\vec{AB}\cdot\vec{BC}+\vec{AC}\cdot\vec{BC}\right)\end{align*}
以上より、3つの内積は$0$になるから正四面体の3組ある対辺は互いに垂直であることがわかります。
関連:ベクトルの内積の求め方